苹果套袋后因缺钙引起的苦痘病和缺硼引起的缩果病加重。研究表明套袋苹果苦豆痘病发生率是不套袋的4倍。钙是一个比较懒的元素，钙在植物体力的移动比较差，根系吸收的钙主要通过木质部的导管，靠蒸腾液流的拉力向上运输，套袋果实的蒸腾量很小，所以果实缺钙严重。

        套袋后果实周围的温室效应，阴暗，潮湿的环境为病菌提供了温床，也为康氏粉蚧等害虫提供了农药的保护伞。苹果套袋后黑红点病比较严重，植保专家研究表明，苹果黑点病主要是粉红单端孢菌、轮斑病菌和康氏粉蚧等危害造成的。

        套袋苹果去袋后果实二次膨大期由于果肉细胞分裂速度快而果皮细胞分裂慢，分裂差异导致果皮微裂萎缩现象发生。

        苹果套袋使果实接受阳光照射时间极大缩短，降低了果实的含糖量，淡化了口感风味。

        如果不能严格把握去袋时间和操作技术，去袋时也容易产生日灼现象，降低果品商品率，影响经济效益。